Tradicionalmente, o mecanismo inferido para explicar como a evolução ocorre é a seleção natural, definida como reprodução diferencial a partir da prevalência de caracteres herdáveis que tragam alguma vantagem ao indivíduo em termos de sua capacidade de sobrevivência. Porém, nas últimas décadas do século XX, foi levantada a possibilidade de outros processos além da seleção natural atuarem de forma ativa na produção da biodiversidade. Sabe-se que fatores epigenéticos influenciam na evolução dos organismos como um todo, o que faz deles relevantes pra os estudos teóricos e empíricos da evolução – a epigenética refere-se a todas as mudanças reversíveis e herdáveis no genoma funcional que não alteram a sequencia de nucleotídeos do DNA. A finalidade do presente trabalho consiste em sugerir uma hipótese filogenética para Metazoa, utilizando uma combinação de caracteres herdáveis geneticamente e epigeneticamente, bem como discutir a definição de caráter filogenético e de herdabilidade. Aqui, relatos sobre mecanismos de herança epigenética descritos para os Metazoa foram compilados e essas informações codificadas na forma de uma lista de caracteres, analisada através da sistemática filogenética, método que busca entender as relações de parentesco entre os seres vivos por meio de cladogramas que delimitam grupos naturais ou monofiléticos. Os táxons utilizados na análise foram levantados a partir da literatura, assim como os caracteres, tanto os tradicionais, baseados na morfologia, quanto os epigenéticos. No procedimento analítico, foi utilizado o método de busca heurística, sem pesagem diferencial dos caracteres. A análise da matriz de dados resultou em apenas uma árvore mais parcimoniosa, na qual os caracteres epigenéticos apareceram como autapomórficos em poucos ramos. Posteriormente, tais caracteres foram plotados no cladograma resultante. Justifica-se tal prática devido à pequena quantidade de táxons nos quais já foram identificados mecanismos de herança epigenética, basicamente restritos às espécies modelos (nematódeos, drosofilídeos, mamíferos roedores e hominídeos). Os caracteres epigenéticos – RNA de interferência, marcação de cromatina, herança de cromatina, metilação de DNA, herança de RNA e metilação da cromatina – provavelmente remontam ao ancestral comum dos Bilateria, surgido há mais de 600 milhões de anos. Tais atributos são importantes para a construção de arvores filogenéticas, e a sua inclusão, juntamente com evidência tradicionais, pode levar ao refinamento das reconstruções filogenéticas de Metazoa. Considerar a herança epigenética amplia o pensamento evolutivo e possibilita a incorporação do desenvolvimento ontogenético e de outros fatores relacionados nas noções tradicionais de hereditariedade com base estritamente genética.