Um grande problema que envolve questões neurológicas é a recente explosão dos casos de microcefalia que estão diretamente relacionados com a epidemia do vírus Zika. A maior preocupação com relação ao vírus é que houve um aumento de quase 20 vezes dos casos de bebês nascendo com microcefalia e outras complicações neurológicas como a síndrome de Guillain Barré que estão relacionados diretamente com a epidemia do vírus Zika. Apesar do grande número de pesquisas na área, estas patologias e os seus mecanismos moleculares ainda não são bem conhecidos até os dias de hoje. Uma melhor compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos pode auxiliar no desenvolvimento de novas drogas e tratamentos. O genoma viral codifica 11 proteínas. Dentre elas, a proteína não-estrutural 1 (NS1) tem sido identificada como uma das mais relevantes para o desenvolvimento de antivirais, desempenhando um importante papel no ciclo de replicação viral. Neste trabalho foi estudado os aspectos estruturais da proteína relacionados a sua função, tais como variações conformações e movimentos funcionais. Para isso, foi utilizado Dinâmica Molecular e Análise de Modos Normais. Foram realizadas simulações usando os PDBs 5K6K (cepa Uganda MR-7660) e 5GS6 (cepa Brasil BeH819015), além de estruturas mutadas construídas a partir de informações de análise filogênica. Foi possível notar com os resultados obtidos que a maioria das mutações feitas no Uganda NS1 não se alterou substancialmente se comparada com a sua forma selvagem, com exceção da mutação no resíduo K146E que apresentou elevadas flutuações quando comparada as outras mutações. No entanto, as mutações da NS1 do Brasil mostraram grandes diferenças em suas flutuações quando comparadas ao seu tipo selvagem. Principalmente as mutações feitas nos resíduos K146E e T301P resultaram em uma alta flutuação dos carbonos alfas. É possível concluir que as mutações feitas nos resíduos K146E, K265E, T301P/L e R324W/Q têm efeitos expressivos apenas no Brasil NS1, e a mutação K265E não apresenta alterações de flutuação em qualquer NS1. Os resultados podem contribuir para entender o papel das mutações em diferentes cepas de NS1 e compreender sua dinâmica.