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As diversas doenças neurodegenerativas progressivas, como a doença de Alzheimer (DA) e a doença de Parkinson (DP) são citadas como as mais frequentes na população idosa e ainda não há tratamentos terapêuticos efetivos. O tratamento primário da DA é a farmacoterapia com inibidores da colinesterase (ChE), que suprimem a progressão da doença e apenas suaviza levemente os sintomas da DA. O presente estudo teve como objetivo a padronização de um protocolo de atividade enzimática da AChE no homogenato de proteínas do encéfalo, particularmente em regiões representativas do sistema colinérgico de camundongos. Camundongos adultos (2 a 4 meses de idade) machos da raça Swiss (n=18, divididos em 3 grupos) foram eutanasiados e coletadas as regiões do corpo estriado, septo frontal, hipocampo, tronco encefálico, cerebelo e hipotálamo. O homogenato proteico dos tecidos foi obtido por processo de maceração mecânica em tampão 10mM Tris-HCl, pH 7,4 na proporção de 1:50 (w/v) e a atividade total da enzima ChE foi avaliada por reação colorimétrica, utilizando o método de Ellman. Os dados obtidos foram expressos por µmol/min/mg ou µmol/mg do substrato hidrolisado para cada região encefálica. As análises estatísticas serão realizadas com o auxílio do software Graph Prisma 5.0, utilizando o teste ANOVA de uma via com o pós-teste de Tukey. O septo frontal apresentou os maiores níveis da atividade da ChE, seguido do corpo estriado em relação aos demais. Ainda, é possível verificar que a quantidade da Acetiltiocolina [substrato hidrolisado - acumulado em nmol por peso do tecido (µmol/mg) após 10 min de reação de Ellman] demonstrou que a atividade da ChE ocorre na seguinte ordem: septo frontal > corpo estriado > tronco encefálico > pré-frontal / hipocampo / cerebelo / hipotálamo. O tetraetil pirofosfato (TEPP, 1 mM) inibiu mais de 75% a atividade da ChE no homogenato obtido do septo frontal. Os dados indicam que o protocolo padronizado para avaliar a atividade da ChE pode ser utilizado para identificar moléculas bioativas naturais e sintéticas de interesse farmacológico.