O gênero Scuticaria (Orchidaceae) apresenta uma morfologia característica, porém a delimitação das suas 11 espécies ainda é controversa, com sugestão de, pelo menos, três casos de sinônimos. A dificuldade no estudo das espécies de Scuticaria é agravada pela distribuição microendêmica das espécies, o que se reflete nos poucos registros de coleta e baixa amostragem de suas espécies nos estudos filogenéticos publicados. Deste modo, o presente estudo visou avaliar a delimitação de espécies do gênero Scuticaria empregando as sequências matK (DNA plastidial) e ITS (DNA nuclear), analisadas via Máxima Verossimilhança (MV) e Inferência Bayesiana (IB). Um total de 33 espécies foram analisadas, sendo que a sequência de 14 espécies foram obtidas do GenBank. Não houve diferenças importantes entre as árvores criadas pelas duas técnicas de análise (Inferência Bayesiana e Máxima Verossimilhança), com ambas apresentando os mesmos agrupamentos principais e com índice de suporte alto. Entretanto, houve diferenças entre os resultados obtidos com os dois marcadores: enquanto matK não apresentou uma boa resolução e separação dos gêneros em clados, o marcador ITS foi informativo. Os resultados com base nos dois marcadores, assim como a partir da matriz concatenada, nas duas análises indicam que o gênero é polifilético, composto por um agrupamento das espécies de Mata Atlântica (S. irwiniana, S. strictifolia e S. hadwenii) e outro unindo as espécies amazônicas (S. steelei e S. salesiana). Esses dois agrupamentos estiveram posicionados em uma politomia com os gêneros Rudolfiella e Bifrenaria em todas as análises. Adicionalmente, foi possível suportar a sinonimização das espécies Scuticaria hadwenii e Scuticaria strictifolia, como já proposto anteriormente com base em caracteres morfológicos.  Dessa forma, reforça-se aqui que o gênero não é um agrupamento monofiléticos e as características morfológicas devem representar convergências evolutivas. Entretanto, é importante agregar novas espécies e novas análises para uma revisão do gênero.