O biorreator anaeróbio de leito fluidizado com membrana, AFMBR (anaerobic fluidized bed membrane biorreactor), é uma tecnologia recentemente estudada para o tratamento de efluentes voltados, principalmente, para fins de reuso. No entanto, este sistema possuí, também, potencial de remover fármacos, caracterizados como poluentes emergentes, que não são removidos completamente nas estações de tratamento convencionais. Portanto, o projeto de pesquisa teve o intuito de avaliar a remoção de fármacos (Amoxicilina e Diclofenaco) no AFMBR. A etapa operacional foi desenvolvida em duas fases. A fase 1 serviu de controle, operada com TDH de 12 horas e na ausência de fármacos. A fase 2, realizada na mesma condição da fase controle, foi operada na presença de fármacos no efluente sintético. Durante o processo ocorreu, simultaneamente, o monitoramento de parâmetros como: DBO₅, DQO, turbidez e cor além da análise dos contaminantes emergentes. Os resultados obtidos no processo demonstraram que o sistema operou em condições anaeróbias adequadas independente da introdução dos fármacos. O AFMBR se mostrou eficiente para a remoção de matéria orgânica, com valores médios em torno de 95% para as análises de DQO e DBO. No processo, a eficiência de remoção dos fármacos foi de 90% e 11% para o Diclofenaco e a Amoxicilina, respectivamente.